Beim Keimen werden die Nährstoffreserven des Samenkorns in ihre Einzelbestandteile zerlegt: Durch Ab-, Um- und Aufbauvorgänge der in den Samen eingelagerten Stärke, Eiweiße, pflanzlichen Öle und anderen Stoffe entstehen Einfachzucker, essentielle Aminosäuren, Vitamine und wichtige Enzyme. Der Abbau von komplexen Kohlenhydraten zu Einfachzuckern mindert die blähende Wirkung und macht vor allem Hülsenfrüchte verdaulicher. Die Umwandlung von Stärke in Einfachzucker ist am zunehmend süßlichen Geschmack bei Getreidekeimlingen erkennbar. Das Eiweiß verändert sich und wird leichter verdaulich. Das Fett des Energiespeichers wird beim Keimprozess abgebaut, so dass sich der Kaloriengehalt verringert. Der Vitamtingehalt steigt um ein Vielfaches an. Das gilt vor allem für die Vitamine C, B1, B2, Niacin, Biotin, Carotin und E. Lediglich der Gehalt an Folsäure sinkt. Auch der Gehalt an Mineralstoffen nimmt, abhängig vom Gießwasser, zu. So kommt es z.B. zu einer Anreicherung des Pflanzenfarbstoffs Chlorophyll, der Magnesium enthält. Gleichfalls vermehrt sich der Gehalt an Kalzium, Kalium, Phosphor und Zink. Die sekundären Pflanzenstoffe verändern sich. Beispiel: Aus den Senfölen im Brokkoli und in der Kresse entstehen Isothiocynate, deren Wirkung als Krebsvorbeuger und "Bakterienkiller" inzwischen wissenschaftlich belegt sind. Die Veränderungen sind vor allem auch geschmacklich feststellbar. Unerwünschte Inhaltsstoffe werden abgebaut, z.B. Hämagglutinine in Linsen und Mungbohnen oder Canavanin in Alfalfa.